El historiador Manuel Maria de la Llata, en su obra “Así es Querétaro” relata “que en el año de 1640 don Juan Alonso adquiere unos terrenos al suroeste de la ciudad en donde construye una casa para su familia que llegó a estar formada por su esposa doña Antonia de Herrera y 9 hijos”. En el año de 1670, las hermanas Francisca de Los Ángeles, Gertrudis de Jesús y Clara de la Asunción edificaron unas pequeñas celdas en la huerta de su casa y que pronto otras jóvenes se unieron, tomando el hábito de la tercera Irden de San Francisco.
Así se iniciaba la historia de lo que con los conocimientos del arquitecto Mariano de las Casas, el reconocimiento del rey Felipe II El apoyo del benefactor Juan Caballero y Osio, José Velázquez de Lorea y el bachiller don Joaquín Zárate contribuyeron a la construcción del hermoso templo con influenció oriental.
En este lugar todo estaba hecho sin escatimar en su costo. Bellos retablos cubiertos de lámina de oro, enrejados, candelabros, cuadros y ornamentos, destacando el órgano tubular puesto en el coro bajo en el año de 1749 así como el que está considerado el primer reloj de repetición construido en América, ambos construidos por don Ignacio Mariano de las Casas. Larga y muy interesante es la historia de este convento, o beaterio como algunos afirman. En dos ovaciones sus monjas fueron expulsadas, una de esas veces las regresa Maximiliano. En el año de 1867, el Hospital de la Limpia Concepcion que funcionaba muy cerca del convento de Santa Clara, es trasladado ya como Hospital Civil en donde funcionó por cien años hasta la construcción de uno nuevo al poniente de la ciudad.
Ocupado por las tropas después del Sitio impuesto a la ciudad, su reloj y otros valiosos objetos sufrieron la destruccion irresponsable de los soldados.
Mutilado en su huerta, funcionaba el anfiteatro y después abriendo el muro de Zaragoza y Ocampo -a en la curva que el muro da- se abrió una puerta para ser las oficinas de la Policía y de Tránsito. Después sería la sede del Instituto Mexicano Italiano de Artes Graficas. En los últimos tiempos se inicia un rescate paulatino de su construcción dándole un trato respetuoso y digno, para una de las joyas arquitectónicas más bellas del mundo, y que sumados a otros monumentos, se logró, que hace 25 años Querétaro quedara inscrito el la UNESCO, como PATRIMONIO DE LA HUMANIDAD.